Une IA découvre les premiers nouveaux antibiotiques depuis plus de 60 ans

Une nouvelle classe d'antibiotiques pour les bactéries "Staphylococcus aureus" résistantes aux médicaments (SARM) a été découverte en utilisant des modèles d'apprentissage profond plus transparents.

L'utilisation de l'intelligence artificielle (IA) est en train de changer la donne dans le domaine de la médecine. La technologie vient de permettre à des scientifiques de découvrir les premiers nouveaux antibiotiques depuis 60 ans.

Cette découverte d'un nouveau composé capable d'éliminer une bactérie résistante aux médicaments qui tue chaque année des milliers de personnes dans le monde pourrait marquer un tournant dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques.

"L'idée était d'évaluerla capacité des modèles à prédire que certaines molécules seraient de bons antibiotiques", déclare James Collins, professeur d'ingénierie médicale et de sciences au Massachusetts Institute of Technology (MIT) et l'un des auteurs de l'étude, dans un communiqué.

"Notre travail fournit un cadre qui permet d'économiser du temps et des ressources et qui est capable d'analyser la composition, du point de vue de la structure chimique, d'une manière que nous n'avions pas jusqu'à présent".

Les résultats ont été publiés aujourd'hui dans Nature et cosignés par une équipe de 21 chercheurs.

L'étude vise à "ouvrir la boîte noire"

L'équipe à l'origine du projet a utilisé un modèle d'apprentissage profond ("deep learning") pour prédire l'activité et la toxicité du nouveau composé.

L'apprentissage profond implique l'utilisation de réseaux neuronaux artificiels, qui permettent à une IA d'apprendre et de découvrir de nouvelles idées à partir de données sans programmation explicite.

Il est de plus en plus souvent appliqué à la recherche médicale afin d'accélérer l'identification de médicaments candidats potentiels, de prédire leurs propriétés et d'optimiser leur processus de développement.

Dans le cas présent, les chercheurs se sont concentrés sur le staphylocoque doré résistant à la méthicilline (SARM).

Les infections à SARM peuvent aller d'infections cutanées bénignes à des affections plus graves et potentiellement mortelles telles que la pneumonie et les infections sanguines.

Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), près de 150 000 infections à SARM se produisent chaque année dans l'Union européenne et près de 35 000 personnes meurent chaque année dans l'Union d'infections résistantes aux antimicrobiens.

L'équipe de chercheurs du MIT a utilisé un modèle d'apprentissage profond considérablement élargi à l'aide d'un immense ensemble de données.

Pour créer les données d'entraînement,environ 39 000 composés ont été évalués pour leur activité antibiotique contre le SARM. Par la suite, les données résultantes et les détails concernant les structures chimiques des composés ont été introduits dans le modèle.

"Ce que nous avons voulu faire dans cette étude, c'est ouvrir la boîte noire. Ces modèles consistent en un très grand nombre de calculs qui imitent les connexions neuronales, et personne ne sait vraiment ce qui se passe sous le capot", déclare Felix Wong, chercheur postdoctoral au MIT et à Harvard et l'un des principaux auteurs de l'étude.

Découvrir un nouveau composé

Pour affiner la sélection des médicaments potentiels, les chercheurs ont utilisé trois autres modèles d'apprentissage profond. Ces modèles ont été entraînés à évaluer la toxicité des composés sur trois types distincts de cellules humaines.

En intégrant ces prédictions de toxicité à l'activité antimicrobienne précédemment déterminée, les chercheurs ont mis en évidence des composés capables de combattre efficacement les microbes avec un minimum de dommages pour le corps humain.

À l'aide de cet ensemble de modèles, environ 12 millions de composés disponibles dans le commerce ont été passés au crible.

Ces modèles ont permis d'identifier des composés appartenant à cinq catégories différentes, classées en fonction de sous-structures chimiques spécifiques au sein des molécules, qui manifestent un certain type d'activité contre le SARM.

Par la suite, les chercheurs ont acquis environ 280 de ces composés et les ont testés contre le SARM en laboratoire. Cette approche leur a permis d'identifier deux candidats antibiotiques prometteurs appartenant à la même classe.

Dans des expériences impliquant deux modèles de souris - l'un pour une infection cutanée à SARM et l'autre pour une infection systémique à SARM - chacun de ces composés a divisé par 10 la population de SARM dans les hôtes.

Source EuroNews

Coeur artificiel. Carmat, histoire d’une « medtech » en or

La société aura levé 100 millions d’euros (privés et publics) pour lancer sa prothèse cardiaque définitive qui a été implantée avec succès sur un patient de 75 ans, mercredi dernier à Paris.

C’est une longue histoire, et aussi une affaire de gros sous. Connu pour avoir inventé des valves cardiaques biologiques en 1972, le chirurgien français Alain Carpentier se lance ensuite dans la conception d’un cœur artificiel. Le médecin part d’un constat simple: le manque notoire de greffons dont sont victimes des dizaines de milliers d’insuffisants cardiaques chaque année.

La chasse aux grammes

En 1993, il s’allie avec le patron de Matra (aujourd’hui filiale d’EADS), Jean-Luc Lagardère. Après la réalisation d’un premier prototype de près de deux kilos, il poursuit ses recherches pour tenter de faire fondre la précieuse prothèse. «J’ai chassé les grammes en silence pendant vingt-cinq ans!» résume au JDD celui qui est parvenu à produire un cœur artificiel d’environ 900 grammes. Un exploit mené sous le bastion de la société Carmat (contraction de Carpentier et Matra), créée en 2008 avec EADS donc (32,6 % du capital), et le fonds d’investissement Truffle Capital (33,5 %), le professeur Carpentier conservant 14,3 %.

440 millions d'euros

L’entreprise, qui se définit comme «une medtech innovante», aura levé en tout près de 100 millions d’euros pour parvenir à ses fins, dont 33 millions d’Oséo (BPI France), soit l’aide la plus importante fournie par la Banque publique d’aide aux PME. Introduite en Bourse en 2010, Carmat pèserait aujourd’hui 440 millions d’euros. Et pourrait s’offrir un avenir en or, pour peu que ses premières transplantations soient couronnées de succès. «Le besoin médical est considérable, avec un marché potentiel de plusieurs milliards d’euros», évalue dans un entretien au Monde le cofondateur de Carmat et patron de Truffle Capital, le Dr Philippe Pouletty. Lequel espère «élargir les essais dès 2014 à une vingtaine de patients». Seule inconnue: la prise en charge d’une telle opération par la Sécurité sociale. «Nous sommes confiants, assure Philippe Pouletty. Des cœurs artificiels beaucoup moins sophistiqués et d’un coût comparable sont déjà autorisés et remboursés dans plusieurs pays.»

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Des tarifs aux dents longues

Alexandre Fache, l'Humanité

Accès aux soins, enquête de l’UFC-Que Choisir

A la veille de la clôture des négociations entre l’Assurance maladie, les médecins et les complémentaires sur les dépassements d’honoraires (auxquelles les usagers n’ont pas été conviés) et de la discussion au Parlement du projet de loi de financement de la sécurité sociale (PLFSS), l’UFC-Que Choisir rend publiques ce jour l’alarmante carte de l’offre médicale en France et ses 3 propositions concrètes pour garantir l’égal accès de tous aux soins.

Souvent abordés séparément, l’accès géographique aux soins et les dépassements d’honoraires (qui ont doublé en 20 ans) sont pourtant étroitement liés, et viennent conjointement affaiblir l’égalité des Français devant le système de santé. A travers l’étude exhaustive de la localisation des médecins et des tarifs pratiqués pour 4 spécialités (généralistes, ophtalmologistes, gynécologues et pédiatres), l’UFC-Que Choisir a mis au point une cartographie de l’offre médicale, commune par commune, en tenant compte de la capacité financière des usagers à se soigner. Et le résultat est sans appel : il existe une intolérable « fracture sanitaire ».

Des déserts médicaux bien installés, surtout pour les spécialistes : Si les déserts géographiques ne concernent qu’à la marge les médecins généralistes (5 % de la population), tel n’est pas le cas pour les spécialistes puisque pour les pédiatres, les gynécos ou les ophtalmos, c’est respectivement 19, 14 et 13 % de la population qui se trouve dans des déserts médicaux .

Accès aux spécialistes, la triple peine pour les moins aisés : Au-delà des déserts géographiques, si l’on ne tient compte que des médecins qui ne pratiquent pas de dépassements d’honoraires, la pénurie de médecins se démultiplie. C’est ainsi que le pourcentage de la population vivant dans un désert médical gynécologique passe de 14 à 54 % si l’on ne peut financièrement accéder qu’à un gynécologue aux tarifs de la sécurité sociale (pour les ophtalmos 13 à 45 %, les pédiatres 19 à 28 %). De même, s’agissant du délai d’attente pour un rendez-vous chez l’ophtalmo, si dans un cas sur deux on l’obtient en moins de 79 jours en acceptant les dépassements, on passe à 131 jours au tarif de la Sécurité sociale, 1 mois et demi de plus !

L’exclusion sanitaire n’épargne aucune zone : Si la désertification médicale touche majoritairement les zones rurales, l’exclusion sanitaire liée à la capacité financière des usagers ignore, elle, la segmentation ville/campagne. C’est ainsi, par exemple, que les habitants de Paris, Saint-Etienne, Le Mans ou Aix-en-Provence sont bel et bien dans des zones d’accès difficile s’agissant des ophtalmos ne pratiquant pas de dépassement d’honoraires.

La présence des médecins, déjà vacillante, n’est donc pas une garantie d’accès : les dépassements d’honoraires pratiqués par une partie significative d’entre eux excluent les usagers les moins aisés. L’argument fallacieux des médecins tendant à justifier la généralisation des dépassements par la stagnation de leur rémunération ne résiste pas à l’analyse : leurs revenus, hors dépassement, ont augmenté de moitié (en plus de l’inflation) depuis 1980 !

Aux grands maux, les grands remèdes. Face à l’échec patent des politiques incitatives s’agissant de l’accès aux soins, et dans l’attente d’une remise à plat de la rémunération des actes médicaux, l’UFC-Que Choisir :

Invite les consommateurs à examiner la situation de l’offre médicale dans leur commune et à interpeller directement leurs parlementaires ;

Demande en urgence aux pouvoir publics, dans le cadre du projet de loi de financement de la sécurité sociale : un conventionnement sélectif des médecins (en limitant les installations de médecins dans les zones sur-dotées, ce qui permettra de combler progressivement les zones sous-dotées), une réduction des aides publiques aux médecins installés en zone sur-dotée et la disparition progressive des dépassements d’honoraires (avec une phase transitoire plafonnant les dépassements d’honoraires à 40 % du tarif de la sécurité sociale, ce qui constitue la prise en charge médiane par les contrats de complémentaire santé).

Enquête de Que Choisir

Suicide à la Poste: des documents accablants

Le cadre de la Poste qui s'est suicidé dimanche dans le Finistère avait préparé son geste, laissant une série d'écrits bouleversants dans lesquels il accusait l'entreprise d'être à l'origine de sa "perte de repères" et faisait part de ses dernières volontés.

Dans ces documents, transmis par le syndicat SUD à l’AFP, le cadre quadragénaire, marié et père de deux enfants, explique notamment qu'il "considère la hiérarchie de la Poste (à tous niveaux) à l'origine de (s)a perte de repères". "Depuis plus de trois ans, j'ai l'impression d'un acharnement, d'une volonté hiérarchique de m'acculer. Laissez-moi partir, c'est mon choix", explique-t-il dans une note baptisée "Mes demandes", dans laquelle il dit refuser toute réanimation, être prêt à donner ses organes et réclame une inhumation "dans l'intimité familiale" sans "aucun représentant de la hiérarchie de l'entreprise, ni aucun message de cette même hiérarchie".
Dans une autre note baptisée "Annexe", il demande si une pension pour sa famille est "envisageable", "en obtenant que (s)on geste désespéré soit requalifié en accident de travail".

Parmi les documents, figure également un courriel adressé au PDG de la Poste Jean-Paul Bailly et daté du 11 mars, soit le jour de sa mort mais non envoyé. Dans ce mail, dont l'objet est "SOS", le cadre se dit "dos au mur" et considère que sa "carrière à la Poste est terminée", disant redouter, "dans le meilleur des cas", une mise au placard. "Cela fait deux fois en moins de six mois que je prépare mon suicide", écrit-il.

Patrice Campion, délégué SUD dans le Finistère, a expliqué à l'AFP que dans le courriel adressé le jour de sa mort aux organisations syndicales, il indiquait avoir "laissé d'autres documents chez lui" pour la CGC, la CFDT, SUD et la CGT. Il a expliqué avoir récupéré ces documents mardi.

Pour Régis Blanchot (SUD), ces documents, dans lesquels le cadre "explique comment la Poste l'a détruit" prouvent le lien entre le drame et le travail. Une réunion du comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT) devait se tenir localement mercredi. Selon M. Campion, les syndicats vont notamment demander que le suicide de ce cadre soit reconnu comme un accident du travail.

Hervé Tellier, responsable CGT, premier syndicat du groupe devant SUD, a réaffirmé mercredi que le syndicat réclamait "l'arrêt des réorganisations, un bilan de leurs effets sur la santé des agents et l'ouverture d'un chantier de négociations pour remettre l'humain au coeur de l'entreprise".

Publié par l'Humanité